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Em 23 de novembro de 1982, foi instituída pela Resolução CD n.º 118/82 de 23 de novembro de 1982 a Sub-Reitoria de Pesquisa e Ensino de Pós-Graduação, sendo-lhe atribuídas as funções de assessoria à Reitoria, compondo a administração superior para orientação e definição da política da Pesquisa e Pós-Graduação Lato Sensu e Stricto Sensu da Universidade Federal de Mato Grosso, superintendendo e supervisionando todos os programas especiais pertinentes, em ligação com as demais Sub-Reitorias. A Resolução CD 27/92 de 12/02/92 reorganizou a Sub-Reitoria de Pesquisa e Ensino de Pós-Graduação (SPG) que passou a ser denominada Pró-Reitoria de Pesquisa e Ensino de Pós-Graduação (PROPEP).

A Resolução CONSEPE n.º 04/92 de 24/03/92, posteriormente alterada pela Resolução CONSEPE 29/92 de 14/12/92, instituiu, no âmbito da Pró-Reitoria de Pesquisa e Ensino de Pós-Graduação, a Comissão de Pesquisa e Ensino de Pós-Graduação, delegando-lhe competência para aprovar projetos de pesquisa e autorizar a realização de cursos de pós-graduação na Instituição, de acordo com o que dispõe a legislação específica sobre aperfeiçoamento, especialização, residência médica, mestrado, doutorado, pesquisa e afastamento de docente para cursos de pós-graduação e licença sabática.

Em 2001, foi extinta a PROPEP e criada a Pró-Reitoria de Pós-Graduação (PROPG), através das Resoluções 009 e 010/CD/2001, de 23 de março de 2001, com o intuito de dar maior destaque às ações de pós-graduação e também de pesquisa na UFMT.

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